Petunjuk Operasional Atas Fokus Penggunaan Dana Desa Tahun 2025 telah ditetapkan melalui Peraturan Menteri Desa dan Pembangunan Daerah Tertinggal Republik Indonesia Nomor 2 Tahun 2024 tentang  Petunjuk Operasional Atas Fokus Penggunaan Dana Desa Tahun 2025 pada tanggal 18 Desember 2024. Fokus  penggunaan Dana Desa penggunaannya diutamakan untuk mendukung: 

1. penanganan kemiskinan ekstrem dengan penggunaan 
   Dana Desa paling tinggi 15% (lima belas persen) untuk 
   Bantuan Langsung Tunai Desa dengan target keluarga 
   penerima manfaat dapat menggunakan data pemerintah sebagai acuan;
2. penguatan Desa yang adaptif terhadap Perubahan Iklim;
3. peningkatan promosi dan penyediaan layanan dasar kesehatan skala Desa termasuk stunting;
4. dukungan program Ketahanan Pangan paling rendah sebesar 20% (dua puluh persen). ; 
5. pengembangan potensi dan keunggulan Desa;
6. pemanfaatan teknologi dan informasi untuk percepatan implementasi Desa digital;
7. pembangunan berbasis Padat Karya Tunai dan penggunaan bahan baku lokal; dan/atau
8. program sektor prioritas lainnya di Desa.