Pengelolaan keuangan desa (Kalurahan) adalah keseluruhan kegiatan yang meliputi perencanaan, pelaksanaan, penatausahaan, pelaporan, dan pertanggungjawaban keuangan desa. Pengelolaan keuangan desa dilakukan dengan basis kas merupakan pencatatan transaksi pada saat kas diterima atau dikeluarkan dari rekening kas desa.

Pelaksanaan pengelolaan keuangan desa merupakan penerimaan dan pengeluaran desa yang dilaksanakan melalui rekening kas desa pada bank yang ditunjuk Bupati. Rekening kas desa dibuat oleh pemerintah desa dengan spesimen tanda tangan kepala desa (lurah) dan kaur keuangan (danarta). Rekening Kalurahan Kebonharjo menggunakan Bank Perkreditan Rakyat (BPR) Bank Pasar Kulon Progo untuk seluruh transaksi keuangan desa. Namun sejak tahun anggaran 2020, Pemerintah Kalurahan Kebonharjo juga diharuskan membuka Rekening Bank Pembangunan Desa (BPD) DIY untuk penerimaan transfer Dana Desa dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN).

Gunadi selaku Danarta Kebonharjo dalam Kegiatan Sosialisasi Kegiatan Fisik tahun 2020, Rabu (10/02/2020) menyampaikan bahwa pencairan keuangan desa dari Rekening kas desa harus melalui verifikasi berlapis. "Kaur/kasi pelaksana kegiatan anggaran mengajukan Surat Permintaan Pembayaran (SPP) dalam setiap pelaksanaan kegiatan anggaran dilengkapi bukti yang lengkap dan sah, kemudian carik melakukan verifikasi kebenaran dokumen SPP dengan anggaran kegiatan yang tertuang dalam APBDes", jelasnya. Beliau memberikan informasi lebih lanjut bahwa setelah pengajuan pencairan dari kasi/kaur telah lolos verifikasi carik maka lurah memberikan tanda tangan persetujuan pencairan. "Slip penarikan uang dari bank harus ditandatangani oleh lurah dan bendahara serta dibubuhi cap pemerintah Kalurahan", tambah Gunadi.
Seluruh transaksi keuangan tersebut dilakukan pencatatan dalam aplikasi Sistem Keuangan Desa (SISKEUDES).