Indeks Kesehatan Keluarga Untuk Desa Kebonharjo masih berada dibawah rata rata dari Kecamatan Samigaluh yang telah mencapai lebih dari 30 % target Pemerintah Kabupaten Kulon Progo sebesar 30%. Sampai saat ini masih diangka 18 %. Dari target peningkatan kualitas hunian warga yang teranggaran dan kegiatan peningkatan kapasitas dan mendekatkan layanan kesehatan oleh desa belum mampu mendonkrak 12 indikator dari penilaian yang ada, terutama dalam pola hidup sehat.

Ke-12   indikator tersebut adalah Keluarga Berpartisipasi Aktif dalam Program Keluarga Berencana atau KB, Ibu Melakukan Persalinan di Fasilitas Kesehatan Resmi,  Bayi Memperoleh Imunisasi Dasar Lengkap, Bayi Mendapatkan ASI Ekskusif,  Tumbuh Kembang Bayi dan Balita Selalu Dimonitor Setiap Bulannya, Penderita TB Berobat Sesuai dengan Ketentuan,  Yang Mengalami Tekanan Darah Tinggi Berobat Secara Teratur, Seluruh Keluarga yang Tercantum dalam KK menjadi Anggota JKN, Keluarga merupakan Pengguna Jamban Sehat dan Keluarga dengan Gangguan Jiwa Tidak Ditelantarkan. Dari idikator tersebut hasil survey yang dilaksankan pada pada awal tahun 2019 masih terdapat permasalahan pada keluarga yang belum memeriksakan tekanan darah tinggi secra teratur, keluarga yang merokok, penderita TB melakukan pemeriksaan rutin dan penanganan warga yangh mengalami ganguan jiwa.

Dalam penjelasan Kepala Desa Kebonharjo Rohmad Ahmadi SIP pada rapat evaluasi dan presentasi hasil PIS PK (Program Indonesia Sehat dengan Pendekatan Keluarga di Ruang Aula Puskesma 2 Samigaluh pada tanggal 19 November 2019 bahwa beberapa upaya telah dilaksanakan oleh pemerintah desa dalam bentuk bakti sosial pelayanan kesehatan untuk penanganan hipertensi dan pencegahan stunting yang diselenggarakan hampir tiap 3 bulan sekali dengan melibatkan CSR. Hal ini dilakukan karena akses kesehatan untuk warga desa berjarak hampir 6-8 km ke Puskesmas 2 Samigalauh, sedangkan Puskesmas pembantu berada di pinggiran desa sehingga akses warga menuju layanan kesehatan tersebut relatif jauh.