Salah satu langkah yang dilakukan oleh pemerintah dalam memastikan pengunaan dana desa yang akuntabel (dapat dipertanggungjawabkan) dan mempunyai kemanfaatan bagi masyarakat adalah dengan diterjunkan tim pengawas. Salah satunya adalah Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan (BPKP).
Selama tanggal 23-25 September 2019 tim yang terdiri dari Bapak Hendrikus Tri Wahyu S dan Ahmad Saifudin melakukan kajian kebijakan APBDES tahun 2018 dan 2019.

Latar belakang dari pengawasan tersebut untuk mengevaluasi pengunaan dana desa dalam tahapan perencanaan, pelaksanaan kegiatan dan pertanggungjawabannya, apakah sudah sesuai dan taat terhadap peraturan dan perundang undangan yang ditetapkan. Yang kedua, memastikan apakah kebijakan dana desa mampu memberi dampak yang kuat terhadap perkembangan masyarakat di desa.
Dari hasil penelusuran pada dokumen yang dimiliki Desa Kebonharjo mampu menunjukan dokumen APBDES secara urut dari seluruh tahapan perencanaan dan secara fisik mencapai hasil yang maksimal. Hasil pembangunan telah dimanfatkan untuk mempermudah transportasi warga di lingkungan permukiman dan akses ekonomi. Selain itu pemanfaatan dana desa diperuntukan dalam bidang kesehatan, kebencanaan, penanganan kemiskinan dan pemberdayaan masyarakat.
Dalam pengelolaan dana desa diatur dalam peraturan bahwa penyusunan laporan keuangan wajib mengunakan Siskeudes, merupakan aplikasi nasional untuk seluruh desa di Indonesia. Dengan aplikasi akan memudahlan semua pihak dalam memonitor pelaksanaan dana desa. Pemerintah desa Kebonharjo sejak tahun 2018 telah menggunakan siskeudes, meskipun masih dalam tahab perencanaan dan pada tahun 2019 ditingkatkan pada tahab penatausahaan.

"Siskeudes merupakan aplikasi yang memudahkan semua pihak, cukup menginput data dengan baik maka seluruh laporan yang dibutuhkan desa sudah bisa tercetak" ungkap Hendrikus Wahyu S dalam diskusi informal dengan pengelola siskeudes.

Tim BPKP juga mengapresiasi untuk kegiatan padat karya berupa pelebaran jalan yang telah dihitung volumenya pada tahab perencanaan dan nyata hasilnya dan memberi dampak positif pada masyarakat.