Berdasarkan surat dari Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga Kabupaten Kulon Progo perihal Pelaksanaan Belajar di Rumah dalam Rangka Pencegahan Covid-19 serta keputusan dari Yayasan Muhammadiyah Kulon Progo, maka sejak tanggal 16 Maret 2020 pelajar SD Muhammadiyah Jarakan Kebonharjo tidak masuk sekolah tapi belajar di rumah. Hal ini merupakan salah satu upaya untuk memutus rantai penularan penyakit Covid-19 yang sedang melanda tanah air. Dengan tidak belajar di sekolah maka anak-anak tidak berinteraksi langsung antara satu sama lainnya. 

Pelajar belajar di rumah mengerjakan tugas daring maupun tugas yang diberikan guru. Pelaksanaan belajar di rumah dengan bimbingan orang tua dapat meningkatkan kedekatan antara anak dan ortu. Kegiatan mereka difoto dan dikirim ke pihak sekolah.

"Masa isolasi anak harus tetap di rumah, anak dilarang keluar rumah atau pergi ke tempat ramai orang," ungkap Tatik Purwantari selaku Kepala Sekolah SD Muhammadiyah Jarakan. Walaupun anak-anak belajar di rumah namun dewan guru tetap masuk guna mempersiapkan tugas-tugas selanjutnya untuk anak. 

Kegiatan yang harus dilakukan pelajar SD Muhammadiyah Jarakan Kebonharjo selama belajar di rumah meliputi:

1. Siswa bangun tidur merapikan kurang lebih jam 04.00 - 04.30 WIB.

2. Sholat subuh dilanjutkan mengaji.

3. Siswa wajib mandi sebelum sarapan.

4. Sarapan pagi dengan menu sayuran, lauk-pauk, dan buah; sebelum dan sesudah makan berdoa dan cuci tangan dengan sabun dan air mengalir.

7. Mengerjakan tugas sesuai tugas dari guru kelas masing-masing.

8. Sholat dhuhur dan makan siang.

9. Membantu orangtua sesuai kemampuannya.

10. Olahraga dan bermain tetapi dalam bermain tidak boleh berkelompok dengan banyak anak

11. Istirahat cukup.

12. Sikat gigi sebelum tidur jam 21.00 WIB.

13. Menghafal surat-surat pendek dan doa sehari-hari.

Beberapa siswa mengaku lebih senang belajar di sekolah seperti yang diungkapkan Putri salah satu pelajar SD Muhammadiyah Jarakan. "Karena bisa jajan, main sama teman, pokoknya seru kalau di sekolah," ungkap Putri.

Pelajar akan mulai belajar di sekolah seperti biasanya menunggu surat edaran dari dinas terkait.