Kalurahan Kebonharjo memperoleh tugas merencanakan, merealisasikan, dan mempertanggungjawabkan keuangan desa yang hampir mencapai dua milyar rupiah (2M) tiap tahun sejak tahun 2017. Tata kelola keuangan desa, pelaporan, dan pertanggungjawaban memiliki bobot 35 % dari aspek penyelenggaraan pemerintah desa. Keuangan desa juga diharuskan menggunakan aplikasi sistem keuangan desa (SISKEUDES) dari perencanaan, penatausahaan, dan pelaporan.
Berdasarkan Peraturan Bupati Kulon Progo Nomor 21 Tahun 2018 tentang Pedoman Penatausahaan Keuangan Desa, pengeluaran rutin khusus untuk pembayaran penghasilan dan tunjangan bagi Kepala Desa dan Perangkat Desa serta BPD dan pengeluaran uang dengan nilai di atas Rp 10.000.000 (sepuluh juta rupiah) dilakukan dengan transfer melalui bank. Menindaklanjuti peraturan tersebut maka sejak tahun 2019, Kebonharjo telah menyalurkan penghasilan dan tunjangan bagi Kepala Desa dan Perangkat Desa serta pembelian belanja material melalui transfer bank.
Rabu, 5 Januari 2020 Kepala Kantor Kas Samigaluh PD.BPR Bank Pasar Kulon Progo Yanu Baswanta menyerahkan 110 (seratus sepuluh) formulir pembukaan Rekening ke Kantor Kalurahan Kebonharjo. Pembukaan rekening diperuntukkan untuk 7 (tujuh) calon anggota BPD terpilih tahun 2020, 70 (tujuh puluh) Kader Yandu, 15 (lima belas) tenaga pendidik PAUD, 10 anggota tim pelaksana wilayah unsur kelembagaan desa, dan sisanya untuk anggota tim desa yang melibatkan lembaga kemasyarakatan. Rekening tersebut akan digunakan untuk tranfer honor dari Rekening desa ke penerima yang jumlahnya sesuai dengan anggaran di APBDes Kebonharjo TA 2020.
Lurah Kebonharjo menyampaikan bahwa di tahun 2020, penyaluran honor petugas akan melalui tranfer bank bukan tunai. Hal ini dilakukan agar mempercepat pertanggungjawaban sehingga penatausahaan keuangan dapat tertib. Pemerintah Kalurahan harus memiliki strategi pengelolaan keuangan yang baik dan akuntabel karena di tahun 2020, pemerintah merencanakan SISKEUDES online. "Penyaluran honor melalui transfer diharapkan mampu menanam budaya menabung bagi masyarakat," tambahnya.