Desa Kebonharjo merupaka salah satu dari 4 desa seKabupaten Kulon Progo yang menyelenggarakan pengisian keanggotaan BPD dengan mekanisme pilihan langsung. Pilihan langsung digunakan untuk memilih BPD unsur keterwakilan wilayah maupun keterwakilan perempuan. Saat pemungutan suara, pemilih laki-laki memilih BPD unsur keterwakilan wilayah sedangkan pemilih perempuan memilih BPD unsur keterwakilan wilayah dan unsur keterwakilan perempuan.

Mekanisme pemihan langsung pengisian keanggotaan BPD mendapat perhatian dari berbagai pihak, Polsek Samigaluh menugaskan Aipru Suharyanto  selaku Kanit Binmas dan Bagus Nugroho selaku Bhabinkantibmas Desa Kebonharjo memonitoring dan mengamankan penyelenggaraan pilihan langsung. Pengamanan juga dilakukan oleh Babinsa Samigaluh dan LINMAS sejumlah 12 personel yang tersebar di 6 TPS.

Kepala Dinas PMD Dalduk dan KB Kabupaten Kulon Progo, Sudarmanto juga melakukan monitoring ke Desa Kebonharjo. Desa Kebonharjo merupakan desa kedua yang beliau kunjungi,setelah sebelumnya beliau memonitoring Desa Banjaroya Kalibawang. "Dengan pilihan langsung, tingkat legitimasi secara politik di masyarakat  lebih kuat ,"ungkap beliau.

Triyanto Raharjo selaku Camat Samigaluh memonitoring dan mendampingi pelaksanaan pemungutan suara di TPS III Desa Kebonharjo. Beliau juga mendampingi proses perhitungan suara di TPS III hingga memperoleh hasil perolehan suara.