Rukun Warga merupakan wadah partisipasi masyarakat Kalurahan sebagai mitra kerja pemerintah Kalurahan dalam rangka mengkoordinasikan kegiatan RT. Berdasarkan SK Lurah Kebonharjo;
KEPUTUSAN LURAH KEBONHARJO NOMOR 90 TAHUN 2020 TENTANG PENGANGKATAN PENGURUS RUKUN WARGA KALURAHAN KEBONHARJO KAPANEWON SAMIGALUH KABUPATEN KULON PROGO MASA BAKTI 2021 - 2026
Berikut nama Ketua RW di wilayah Kebonharjo
- Suryo Suryo Budi Raharjo Ketua RW 001, Gowok Kebonharjo
- Amir Susanto Ketua RW 002, Jarakan Kebonharjo
- Marto Wiharjo Ketua RW 003, Kaliduren Kebonharjo
- Lamidi Ketua RW 004, KedunggupitKebonharjo
- Kirji Suwitodarmo Ketua RW 005, Jeringan Kebonharjo
- Ngatijan Ketua RW 006, Pringtali Kebonharjo
- Suyono Ketua RW 007, Pelem Kebonharjo
- Rubidi Ketua RW 008, Gebang Kebonharjo
- Supriyanto Ketua RW 009, Dangsambuh Kebonharjo
- Sardi Ketua RW 010, Kleben Kebonharjo